O cristianismo era a religião oficial e o principal fator de unidade da civilização bizantina.Os imperadores bizantinos usavam religião para manter a unidade do império.Assim,eles assumiram o papel de "representantes de Deus",com a função de proteger a Igreja e dirigir o Estado.Esse domínio do Estado sobre a Igreja é chamado de cesaropapismo,sistema em que os poderes do governo e espirituais concentram-se na figura do imperador.O cesaropapismo existia entre os primeiros imperadores romanos cristãos,como Constantino,podendo também ser percebido na época de Carlos Magno e do Império Carolíngio.De acordo com a doutrina cristã,Deus era o centro do Universo.Assim,a interpretação dessa doutrina considerava que,como o imperador era um representante de Deus,ele deveria ocupar o centro da sociedade,governando os assuntos humanos em nome de Deus.Porém na prática,a união entre a Igreja e o Estado bizantino não foi pacífica,pois os patriarcas não aceitava o domínio dos imperadores sobre sobre os assuntos religiosos sem reagir.
A sociedade bizantina foi dividida por várias questões religiosas,como o monofisismo e a iconoclastia.
Os membros do movimento monofisista,concentrados principalmente na Síria e no Egito,acreditavam que Cristo tinha apenas uma natureza divina,e não humana e divina ao mesmo tempo,como afirmava a Igreja Católica Romana ao defender a doutrina da Santíssima Trindade.
Outro movimento religioso importante do Império Bizantino foi a iconoclastia,em que se defendia a proibição das imagens de santos nas igrejas.Seus seguidores pregavam a destruição dessas imagens para impedir que elas fossem idolatradas,pretendendo acabar com o culto que surgiu entre VI e VII.
O Império Bizantino teve uma história religiosa agitada, onde as disputas doutrinárias casualmente atingiam o extremo da guerra civil. Justiniano protegia de forma indomável a ortodoxia cristã, impugnando fortemente as duas heresias que lhe apresentavam contemporaneidade: o Arianismo (Ocidente) e o Monofisismo (Oriente). Inclusive, o Monofisismo era apoiado pela imperatriz Teodora. A imposição da autoridade do papa em relação à Igreja do Oriente passou a ser algo impossível. Em 1054 a situação religiosa se agravou quando o patriarca de Constantinopla se recusou a prosseguir a sua obediência à autoridade papal, um rompimento que ficou conhecido como Cisma do Oriente que originou a igreja católica Ortodoxa, cujos princípios eram praticamente os mesmos da Igreja Católica Romana, apenas com diferenças nos rituais e na organização eclesiástica.
